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2014年11月02日

イネの品種差を作り出す遺伝子多型を143個検出 健康機能性の高いイネの開発へ

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コメント

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1: 白夜φ ★@\(^o^)/ c2ch.net 2014/11/01(土) 00:00:36.61 ID:???
イネの品種差を作り出す遺伝子多型をゲノム解析で検出 - 理研と生物研
[2014/10/29]

理化学研究所(理研)と農業生物資源研究所(生物研)は、日本で栽培されているイネ175品種の二次代謝産物に注目したメタボローム(代謝物の総体)のゲノムワイド関連解析(GWAS)を行い、89種類の二次代謝産物の含有量の品種間差に関係する143箇所の遺伝子多型を検出することに成功したと発表した。

同成果は理研環境資源科学研究センター統合メタボロミクス研究グループの斉藤和季 グループディレクター、
松田史生 客員研究員(現 大阪大学大学院情報科学研究科 准教授)と、生物研農業生物先端ゲノム研究センターの
矢野昌裕 センター長(現 農業・食品産業技術総合研究機構作物研究所 所長)らによるもの。
9月29日付け(現地時間)の「The Plant Journal」オンライン版に掲載された。

イネには多くの品種が存在し、それぞれを比較すると、風味や耐病性の違いに関係する二次代謝産物の含有量に違いが見られ、その違いはゲノム中の遺伝子多型に由来すると考えられている。
しかし、二次代謝産物の組成が品種間でどのくらい異なるのか、またその原因となる遺伝子多型との関連性などについてはわかっていなかった。

同研究グループは、日本で栽培されているイネ175品種の葉からメタボロームデータを測定して、342種類の代謝物(一次代謝産物と二次代謝産物)を検出、そのうち91種類の構造を解明。イネの葉には、健康機能成分であるフラボノイドなどの二次代謝産物が多種類含まれており、その含有量は品種間で大きく異なることを突き止めた。

さらに、このメタボロームデータと、生物研が整備した遺伝子多型のデータを組み合わせたゲノムワイド関連解析を行い、89種類の二次代謝産物の含有量の品種間差に関係する143箇所の遺伝子多型の検出に成功したという。

今後この遺伝子多型情報とイネゲノム情報を併せて活用することで、遺伝子組換え技術を利用せずに、短期間で有用代謝成分を強化した品種改良技術や、健康機能性の高いイネの開発につながることが期待される。

▽記事引用元
http://news.mynavi.jp/news/2014/10/29/380/
マイナビニュース(http://news.mynavi.jp/)2014/10/29配信記事

▽関連リンク
理化学研究所
日本のイネ175品種の代謝物すべてをゲノムワイド関連解析
-ある種のフラボノイドは「ハツニシキ」には含まれ「コシヒカリ」には含まれない-
http://www.riken.jp/pr/press/2014/20141028_1/

※ご依頼いただきました。

メタボローム-wikipedia
メタボロームは分子生物学の一研究分野で、新陳代謝の実態および細胞、組織、器官、個体、種の各階層でそれぞれ微妙に異なる代謝経路の多様性の総体をバイオインフォマティクス的手法を基に研究する。
生体内には核酸(DNA)やタンパク質のほかに、糖、有機酸、アミノ酸など多くの低分子が存在し、その種類は数千種に及ぶ。これらの物質の多くは、酵素などの代謝活動によって作り出された代謝物質である。
現在では、細胞の働きを包括的に理解しようとするとき、これまでにも盛んに研究が行われてきているDNA 配列の網羅的解析(ゲノム解析)やタンパク質の網羅的解析(プロテオーム解析)に加えて、代謝物質の網羅的解析(メタボローム解析)が重要であると言われている。生命のロバストネスにより、マイクロアレイ解析で変化が観察されても、表現型に最も近いメタボローム解析をしてみると変化が見られないこともあるからだ。

>ゲノムワイド関連解析(GWAS)-脳科学辞典
GWASは、ゲノム全体をほぼカバーするような、50万個以上の一塩基多型(single nucleotide polymorphism: SNP)の遺伝子型を決定し、主にSNPの頻度(対立遺伝子や遺伝子型)と、疾患や量的形質との関連を統計的に調べる方法論である。疾患との関連を検討する場合は、検出力の観点から一般集団の血縁関係にないサンプルを用いることがほとんどであり、また、minor allele frequency (MAF)が1%以上の頻度の高いSNPを対象とすることが多い。

二次代謝産物-wikipedia
二次代謝産物(にじたいしゃさんぶつ、二次代謝物、英: secondary metabolite)は、生物の細胞成長、発生、生殖には直接的には関与していない有機化合物である。
一次代謝産物とは異なり、二次代謝産物の欠如は、即時の死に至らないが、生物の生存や繁殖力、美しさにおいて長期間の障害を与えるか、あるいは顕著な変化は全くないこともある。
二次代謝産物は、しばしば狭い範囲の系統学的グループに属する種に制限される。二次代謝産物は植物の感染防御やその他の種間の防御に重要な役割を果たしている場合が多い。

転載元: http://anago.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1414767636/


3: 名無しのひみつ@\(^o^)/ 2014/11/01(土) 00:05:48.23 ID:WwLYTLys
そのうち背が低くなって野菜工場で3段重ね栽培されるんですね?
どこの株を買えば良いですか?



5: 名無しのひみつ@\(^o^)/ 2014/11/01(土) 01:59:28.00 ID:fRT6QPUT
これってどういうことに生かされる情報?
ただ単に品種改良?

6: 名無しのひみつ@\(^o^)/ 2014/11/01(土) 03:42:33.63 ID:Q6mrHWZ0
イネの葉をハスのように真ん丸にして光合成効率を最大にしてくれwww

7: (,,゚д゚)さん 頭スカスカ@\(^o^)/ 2014/11/01(土) 05:39:12.60 ID:ONrfU3aK
とりあえずカドミウムを生体濃縮しない品種が欲しいわけだが

9: 名無しのひみつ@\(^o^)/ 2014/11/01(土) 07:24:23.48 ID:3KsLpRu0
>>5
>ただ単に品種改良?
栽培方法にも活かせるだろうね 
今現在は田んぼに出て”勘と経験”で判断している
イネの育ち具合が遠くからでもモニターできる
匂いを嗅ぐようなセンサーを使うとかね
ただそれにはイネの技術者(公務員)意識を変える必要がある
いまだに田んぼに出てイネに触るのが一番とか古すぎるから

>>6
>イネの葉をハスのように真ん丸にして
これ句読点の場所にもよるが
丸けりゃ葉っぱを透過した光はそのまま地面を照らすだけで無駄
3枚くらいの葉を重ねて透過光もキャッチする方が効率良いよ

>>7
>カドミウムを生体濃縮しない品種が欲しい
たとえばカドミウムは亜鉛と間違って取り込まれているけど
亜鉛を生物が使うのはおそらく太古海水に亜鉛が多かったから

たとえばカドミウムは酸性寄りの土で溶け出して吸われるけど
土が酸性寄りになるのは植物の根が酸素を呼吸するから

生物として間違っちゃう完成度や必要なものを否定するより
時空間的に濃縮し難い条件で栽培する手をとってはいかが?
そんなアイデアを支えるためにも二次代謝情報は大事かも

矢野センター長の組織は 遺伝子と イネが持つ
メジャーマイナーな性質の結び付けを強力に進めてるから
「こういう品種が欲しいから両親にAとBを選ぼう」とか
「こういう性質の品種だから肥料はいつまこう」とか
メニューをみるように技術判断ができるようになるかも
楽しみだねえ

8: 名無しのひみつ@\(^o^)/ 2014/11/01(土) 05:53:28.89 ID:rz1zHuo2
>>5
ただ単にって言うけど、遺伝子組換えやると市民がうるさいから、交配の為の地道な情報は大事なんだよ


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コメント一覧

1.    2014年11月02日 23:14
味や風味は変わらずに
コメを食べた後の血糖値増加量を抑えられたら最高なんだが
吸収を緩やかにするだけでもマシだと思うんだ
2. 名無し隊員さん  2014年11月03日 00:47
苗が盗まれるのに注意しなきゃあかんね。
特に、研修生には注意。
3. 、  2014年11月03日 02:02
遺伝子組み換えガンガンすりゃいいのになぁ
馬鹿な上に不勉強な奴らの声がでかいから…
多分ジャガイモの歴史と同じく、大災害戦争飢饉が起きないとGM作物は普及せんだろうな

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